عقد المركز عدة اتفاقيات تعاونٍ مع مراكزَ ومؤسساتٍ ثقافيةٍ وأكاديمية داخل قطر وحول العالم؛ نتج عنها إقامة العديد من المؤتمرات والندوات مع هذه المراكز والمؤسسات في دولها بدعم وتمويل من المركز، كما يعقد المركز محاضرات سنوية في هذه الجهات يحضرها المختصُّون، ويشارك في تقديمها العلماء والباحثون، ويتطلع مركز مركز الدوحة الدولي لحوار الأديان إلى إستمرار فتح قنوات التعاون والشراكة مع المؤسسات ذات الصلة في المجالات المختلفة؛ إذ إن هذا المجال لا يتطوَّر إلاَّ بتبادل الخبرات عبر الشراكات والانشطة المتنوعة من محاضرات ودراسات بحثية ومشاريع تعاون وغيرها.